Filibe doğumlu olan Ahmed Hilmi bu nedenle Filibeli Ahmed Hilmi olarak anılmıştır. Babasından dolayı da Şehbenderzâde olarak anılmıştır. İlk eğitimini Filibe'nin müftüsünden alan Ahmed Hilmi, daha sonra ailesiyle birlikte İzmir'e taşınmıştır. Eğitimini Galatasaray Lisesi'nde tamamladıktan sonra Düyûn-ı Umûmiyye'de çalışmaya başlamış, Beyrut'a atanmıştır. Siyasi bir mesele nedeniyle Beyrut'tan Mısır'a kaçmış, 1901'de tekrar İstanbul'a dönmüş fakat Fizan'a sürülmüştür. Tasavvufa olan ilgisi büyümüş, özellikle Vahdet-i Vücud düşüncesine inanmaya başlamıştır. Tasavvufi yönü fikirlerini büyük oranda etkilemiştir.
Meşrutiyetin ilanıyla 1908'de İstanbul'a dönmüştür. Burada İttihat-ı İslam adlı bir haftalık gazete çıkarmaya başlamış fakat bu gazete uzun soluklu olmamış ve sonunda başka gazetelerde yazmaya başlamıştır. 1910'da Hikmet isimli bir haftalık gazete yayımlamaya başlamış, yine aynı yıl Hikmet Matbaa-yi İslâmiyesi'ni kurmuştur.
İttihat ve Terakki Cemiyeti'ni eleştirmeye başlamıştır. Düşünceleri dönemde cemiyetin karşıtı olan görüşlerle de uyuşmadığı için birçok düşman kazanmıştır. Eleştirilerini ve görüşlerini en çok Hikmet gazetesinde yayımlamış, gazeteyi günlük çıkartmaya başlamıştır.
Düşünceleri nedeniyle Hikmet gazetesi matbaası ile birlikte yasaklanıp kapatılmış, kendisi de Bursa'ya sürgüne gönderilmiştir. Fakat daha sonra sürgünden dönünce Hikmet gazetesini tekrar yayımlamaya başlamıştır. Yine de gazetesinin ömrü, yayımladığı fikirleri nedeniyle uzun olmamıştır.
Ekim, 1914'te zehirlenerek ölmüştür. Zehirlenmesinin nedeni ve durumu tam olarak bilinememektedir. Masonlukla ve siyonizmle mücadele eden ilk kişilerdendir. Dolayısıyla ısrarla karşı çıktığı ve düşmanı olmuş masonlarca zehirlendiği söylenmektedir.